平成２８年（２０１６）４月に発災した熊本地震では、重要文化財１３棟を含む建造物が３３棟、石垣の崩落、ふくらみ、緩みが５１７面約２３，６００㎡の被害を受けた。
平成３０年（２０１８）３月には熊本城復旧基本計画を策定し計画的に復旧を進めてきた。
特に、市民のシンボルである天守閣の復旧を早急に取り組み令和元年（２０１９）には大天守の外観が完成し特別公開を行い、順次公開エリアを拡大してきた。
その後、令和５年３月に熊本城復旧基本計画を見直し復旧期間を２０５２年までとした。
これまで、建造物では天守閣をはじめ重要文化財の長塀、監物櫓が完成し、石垣においては奇跡の一本石垣で有名となった飯田丸５階櫓の石垣が完成するなど、着々と復旧への歩みを進めていた。
また、復旧過程を多くの方に見ていただけるよう特別見学通路を設置し、更に、夜間開園、MICEプランによる特別な利用等を実施した結果、令和７年度（２０２５）には１４１万人を超える来園者となり、これは、全国城郭において５位の来園者数である。
これまで順調に復旧を進めたところであるが、令和８年（２０２６）７月に再度熊本地方を大地震が襲い、熊本城においても甚大な被害が発生した。
再建された天守閣や長塀、監物櫓では多少の亀裂等は見られるものの大きな被害はなかった。しかし、石垣では４０か所に崩落やはらみが見られ状況である。
今後、詳細な調査により更なる被害状況の確認をし、効果的な復旧を行い熊本城はよみがえっていく。

https://www.city.kumamoto.jp/kiji00348172/5_48172_340982_up_BKB1J4WQ.pdf　（熊本城復旧基本計画　概要版）